种质创新中心是以“育种需求”为出发点，以“育种家”为核心，以“种质创新”为目标；通过帮助参与育种设计与实施，提供现代生物育种手段，发掘重要基因资源，快速高效创造和提供有重要育种应用价值的新种质材料。种质创新中心与生物技术中心和各作物育种中心一起构成了创世纪现代高效商业育种体系。中心重点围绕分子标记辅助育种平台、双单倍体辅助育种平台及种质资源鉴定与创新等三大平台开展工作。
