稻田生态系的生境结构和小气候比较简单，而且只有相对较少的资源，因为，稻田生态系中的物种多样性越少，空余生境生态位就越多，这就导致稻田生态系统极不稳定，病虫害发生频繁，产量品质易被影响。
1、选用抗病品种。
结合当地天气病虫害发生情况，选择适宜抗病品种。
2、打捞菌核。
根据病害后期形成的菌核会掉落在稻田里成为下一年的病原这一特点。在耕沤田时，打捞菌核，并烧毁，对纹枯病等的防治有着重要意义。
3、物理、生物等防控技术
灯光诱杀物理防治技术；性引诱剂诱杀；稻鸭共栖治虫除草防纹枯病；选用系列高效生物农药控制各种病虫技术。
4、稻田超级送嫁药预防分蘖期病虫技术。
在秧苗移栽前2—3天，倍量喷施防治螟虫、稻瘟病、稻蓟马以及稻飞虱等对路农药，以预防或减轻大田病虫的发生危害。
5、破口抽穗初期混合用药保穗技术
在水稻破口抽穗初期，将预防稻瘟病的农药，与防治纹枯病和稻飞虱的农药混合一次喷施，达到一次施药预防多种病虫的目的。
6、稻田耕沤治螟技术
在螟虫越冬化蛹高峰期，及时耕沤冬闲田和绿肥田，灌深水浸沤，使螟虫不能正常羽化，降低发生基数。
7、减量用药控害增产技术
用40%氯虫苯甲酰胺·噻虫嗪（福戈）可湿性粉剂防治二化螟、稻纵卷叶螟，用30%苯醚甲环唑·丙环唑（爱苗）乳油防治纹枯病。